O juiz auditor é um magistrado da justiça militar, um juiz federal especializado que julga crimes militares cometidos por militares e, em certas situações, por civis, atuando nas auditorias militares em primeira instância, presidindo os Conselhos de Justiça e sendo o único com formação jurídica técnica, aplicando o direito em um colegiado com juízes militares.